Economia sistemului UV este determinată de următorii factori: costul echipamentului și durata de viață; eficiența electrică; gradul de reducere a efectului de sterilizare în timpul funcționării; costurile cu energia electrică etc. Analiza economică a sistemului de dezinfectare a ultravioletelor nu a ajuns încă la o concluzie. Există multe rapoarte de analiză cu concluzii diferite. Există opinii că dispozitivul de dezinfectare ultraviolete consumă o mulțime de energie electrică, iar întreținerea și costul echipamentului sunt ridicate. Pentru sistemele mari, investițiile în echipamente sunt mai mari decât cele ale sistemului de ozon, iar costul de exploatare este similar cu cel al ozonului; dar pentru sistemul mic de producție a apei pure, investiția este mai mică decât cea a dispozitivului de ozon. Există, de asemenea, opinii că, pentru scalele de tratament de mii de tone/zi sau mai mult, costurile de investiții și de funcționare ale sistemului de dezinfectare UV sunt foarte avantajoase, care sunt mult mai mici decât costul clorinării și dezinfecției ozonului. De exemplu, există rapoarte analitice de date că atunci când se construiesc o mică stație de tratare a apei potabile cu o populație cuprinsă între 10 și 25.000 de locuitori, raportul aproximativ dintre costurile de dezinfectare a ultravioletelor, dioxidului de clor și ozonului este de 1:4: (8-9), pentru o populație mai mare de 500.000 de organizații sociale, raportul de cost este de aproximativ 1:2.5:2.5.
Aceste estimări ale costurilor nu includ costul suplimentar al eliminării subproduselor de dezinfectare și a chisturilor cryptosporidium atunci când se utilizează procese de dezinfectare non-UV. În plus, datele de analiză arată că costurile de investiții și de funcționare ale dezinfecției ultraviolete sunt mai mici decât cele ale dezinfecției clorului, iar costul de dezinfectare este de aproximativ jumătate din cel al clorului, dar diferența este redusă odată cu extinderea scalei de tratare a apei.
În Franța și fosta Uniune Sovietică, dezinfectarea ultravioletă a fost limitată la echipamente mici. Echipamentul de mare stabilit a fost de a instala lămpi ultraviolete în serie în rețeaua de apă filtrată. În Statele Unite, dezinfectarea ultravioletă este, de asemenea, limitată la echipamente mici și piscine, și este adesea combinată cu alți dezinfectanți. Cu toate acestea, s-a raportat în aplicații practice că scara instalațiilor de apă potabilă care utilizează dezinfecția ultravioletă a depășit 1,5 milioane de tone pe zi.